1531年，F.皮萨罗率西班牙远征队侵入印加帝国，翌年11月16日在卡哈马卡诱俘了印加国王阿塔瓦尔帕,勒索大量财宝后背信弃义地将他处死。1533年,秘鲁沦为西班牙殖民地。1542年，西班牙王室在利马设总督府，建立秘鲁总督区，统治整个南美地区。当时秘鲁商业发达,商人操纵着大部分南美的进出口贸易,西班牙人从南美掠夺的贵重金属及其他物资均从秘鲁运出。殖民者在秘鲁大肆侵占土地,强安人大量死亡。为反对西班牙殖民统治，印第安人举行过多次起义，其中规模较大的有1535年的曼科起义、1742年的胡安.桑托斯起义和1780～1781年的图帕克.阿马鲁起义。
    
1808年，秘鲁人民掀起独立运动，未得成功。1820年J.de圣马丁率领军队在秘鲁登陆，迫使西班牙总督退往东部山区。1821年 7月28日秘鲁宣布独立。此后S.玻利瓦尔继续与西班牙军作战，经过胡宁和阿亚库乔等战役，于1826年解放秘鲁全境。
       
1836年秘鲁与玻利维亚组成联邦，
       
1839年由于智利入侵而瓦解（见A.桑塔.克鲁斯）。
       
1845-1851年R.卡斯蒂利亚执政时期政局比较稳定,政府为增加国库收入,大力开采鸟粪。为解决劳动力不足问题,从中国招募契约华工。

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